El nombre de Huehuetenango fue tomado de la cabecera departamental, la cual en la época prehispánica se conocía como Shinabajul o Xinabajul que significa entre barrancos, capital del señorío de los Mames. Huehuetenango fue y sigue siendo el principal asiento del grupo lingüístico Mam.


Durante la época prehispánica, el señorío mam era de los más vastos territorialmente, pues comprendía los departamentos de Huehuetenango, Totonicapán, Quetzaltenango, San Marcos y la provincia de Soconusco (ahora territorio mexicano); pero debido a las cruentas luchas entre las diferentes tribus, este territorio fue desmembrado, especialmente por la invasión de los quichés al mando del rey Quicab, conocido como Quicab el grande, y sus aliados los cakchiqueles, obligando a los mames a abandonar parte de sus extensos dominios, replegándose a la parte montañosa, en especial Huehuetenango y San Marcos, aunque actualmente todavía existen pueblos mames en el departamento de Quetzaltenango, como en los municipios de Cabricán, Huitán, San Juan Ostuncalco, Concepción Chiquirichapa, San Martín Sacatepéquez y otros.

La ciudad de Huehuetenango fue fundada por Gonzalo de Alvarado en 1524 al finalizar la conquista de la antigua capital precolombina de los mames: Zaculeu que significa Tierra Blanca. Mucha gente descendiente de los mames, aún vive en los municipios aledaños al Municipio de Huehuetenango y las Ruinas del antiguo centro ceremonial de Zaculeu constituyen una atracción turística ubicada a cuatro kilómetros del Parque Central de la ciudad.

Durante la conquista, los indígenas tlaxcaltecas y mexicas que acompañaban a los españoles, le cambiaron el nombre por Ueuetenango que algunos interpretan como lugar de los viejos, aunque posiblemente le llamaron así por la abundancia del árbol llamado sabino, que abunda en los márgenes del río Selegua y que en México se conoce como ahuehuetle, por lo que los mexicanos lo llamaron ahuehuetles, o sea Ahuehuetlenango, que posteriormente se cambió por Ueuetenango, Vevetenango, Güegüetenango, hasta llegar a lo que hoy se conoce como Huehuetenango.

Huehuetenango permaneció unido al partido de Totonicapán durante todo el período hispánico. La cabecera del departamento, ha sido desde 1866, la ciudad de Huehuetenango, salvo un período de pocos años, en que fue trasladada a la que hoy es la vecina Villa de Chiantla durante el período de Gobierno de Justo Rufino Barrios, como se describe más adelante.

La Municipalidad de Huehuetenango solicitó al Jefe de Estado de Guatemala, en 1826, la formación de un nuevo departamento con los pueblos que históricamente formaban el partido de Huehuetenango, pero no se logró nada, debido probablemente a los trastornos políticos de esa época.

Al organizarse por segunda vez en 1838 el Estado de los Altos, se reunieron de nuevo bajo aquella denominación política y siempre dentro de la Federación de Centroamérica, los pueblos que componían los entonces departamentos de Sololá, Totonicapán y Quetzaltenango, señalándose como territorio, el mismo con que figuraban en las cartas geográficas levantadas en 1832 por Miguel Rivera Maestre, mencionándose al departamento de Güegüetenango, según se lee en el decreto de la Asamblea Constituyente del Estado, emitido el 26 de mayo de 1839.

El Presidente de la República, mariscal Vicente Cerna, emitió el decreto del 8 de mayo de 1866, por medio del cual se acordó que a los territorios de San Marcos, Huehuetenango, Petén, Izabal y Amatitlán, que habían conservado la denominación de distrito, se les diera en lo sucesivo la de departamento.

Durante la revolución del dictador liberal Justo Rufino Barrios en 1875, Chiantla aporto recursos y hombres agrupados en lo que se conoció como El Batallón Chiantleco, lo que fue premiado por el dictador Barrios, adicionando territorio y concediendo a los milicianos de Chiantla, gran parte del área de la meseta de Los Cuchumatanes y el territorio que en el 2005 fue reconocido como el Municipio 32 del Departamento de Huehuetenango: Unión Cantinil; siendo en este periodo de tiempo corto (1881-1885), la capital del Departamento. Por otra parte, dicho traslado de Cabecera Departamental constituyó represalia contra la población de Huehuetenango, debido a que Barrios fue rechazado durante la revolución por los pobladores de la ciudad, siendo herido gravemente.

De esa cuenta, durante algunos años se mantuvo un sentimiento de rivalidad entre los habitantes de ambos pueblos. En la actualidad son fuertes los lazos familiares que los unen, sin embargo no dejan de ser frecuentes graciosas anecdotas (chistes) que los huehuetecos publican de los cultos pobladores de la hermosa y progresista Villa de Chiantla.